顎変形症に対する矯正歯科治療以外にも、下記「厚生労働大臣が定める疾患」に起因した咬合異常に対する矯正歯科治療、および前歯3歯以上の永久歯萌出不全に起因した咬合異常（埋伏歯開窓術を必要とするもの）に対する矯正歯科治療に限り、保険診療の対象となります。
なお、これらが保険適用される医療機関は、別に厚生労働大臣が定める施設基準に適合しているものとして地方厚生（支）局長に届け出た保険医療機関のみになります。
- 唇顎口蓋裂
- ゴールデンハー症候群（鰓弓異常症を含む。）
- 鎖骨頭蓋骨異形成
- トリーチャ・コリンズ症候群
- ピエール・ロバン症候群
- ダウン症候群
- ラッセル・シルバー症候群
- ターナー症候群
- ベックウィズ・ウイーデマン症候群
- 顔面半側萎縮症
- 先天性ミオパチー
- 筋ジストロフィー
- 脊髄性筋委縮症
- 顔面半側肥大症
- エリス・ヴァンクレベルド症候群
- 軟骨形成不全症
- 外胚葉異形成症
- 神経線維腫症
- 基底細胞母斑症候群
- ヌーナン症候群
- マルファン症候群
- プラダー・ウィリー症候群
- 顔面裂（横顔裂、斜顔裂及び正中顔裂を含む。）
- 大理石骨病
- 色素失調症
- 口腔・顔面・指趾症候群
- メビウス症候群
- 歌舞伎症候群
- クリッペル・トレノネー・ウェーバー症候群
- ウイリアムズ症候群
- ビンダー症候群
- スティックラー症候群
- 小舌症
- 頭蓋骨癒合症（クルーゾン症候群、尖頭合指症を含む。）
- 骨形成不全症
- フリーマン・シェルドン症候群
- ルビンスタイン・ティビ症候群
- 染色体欠失症候群
- ラーセン症候群
- 濃化異骨症
- ６歯以上の先天性部分無歯症
- ＣＨＡＲＧＥ症候群
- マーシャル症候群
- 成長ホルモン分泌不全性低身長症
- ポリエックス症候群
- リング18症候群
- リンパ管腫
- 全前脳胞症
- クラインフェルター症候群
- 偽性低アルドステロン症
- ソトス症候群
- グリコサミノグリカン代謝障害（ムコ多糖症）
- 繊維性骨異形成症
- スタージ・ウェーバー症候群
- ケルビズム
- 偽性副甲状腺機能低下症
- Ekman-Westborg-Julin症候群
- 常染色体重複症候群
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その他顎・口腔の先天異常
顎・口腔の奇形、変形を伴う先天性疾患であり、当該疾患に起因する咬合異常について、歯科矯正の必要性が認められる場合に、その都度当局に内議の上、歯科矯正の対象とすることができる。
上記の疾患に起因した咬合異常に対する矯正歯科治療、前歯３歯以上の永久歯萌出不全に起因した咬合異常（埋伏歯開窓術を必要とするもの）に限り保険診療の対象となります。
